ОАО «Бурятские авиалинии» было основано в 1992 году после приватизации Улан-Удэнского авиапредприятия. В то время компания владела аэровокзалом, топливно-заправочным комплексом, цехом бортпитания и отвечала за обслуживание транзитных рейсов. В «Бурятских авиалиниях» летали два лайнера Ту-154М, региональные самолеты Ан-24, Л-410, грузовые Ан-26, вертолеты Ми-8.

В 2000 году на ОАО «Бурятские авиалинии» было введено конкурсное управление. В 2001 году предприятие было признано банкротом. Далее оставшееся имущество приобрело ООО «Медиа Групп», которое раздробило бывшее ОАО «Бурятские авиалинии» на несколько предприятий. Так появилось существующее по сей день ОАО «Авиакомпания «Бурятские авиалинии», которым с 2005 года владеет кипрская компания «Девакиа Трейдинг Лимитед».

На данный момент ОАО «Авиакомпания «Бурятские авиалинии» принадлежат 5 вертолетов Ми-8Т, 4 самолета Ан-24 и 4 самолета Ан-2. Авиакомпания выполняет регулярные рейсы Улан-Удэ - Нижнеангарск и Улан-Удэ – Таксимо.